More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0186 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  601  1.0000000000000001e-171  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  81.36 
 
 		 296 aa  489  1e-137  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  69.15 
 
 		 297 aa  421  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  53.45 
 
 		 308 aa  314  9.999999999999999e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  52.25 
 
 		 294 aa  299  4e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 308 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 308 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  42.76 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.82 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.64 
 
 		 293 aa  215  8e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  41.64 
 
 		 293 aa  215  8e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.64 
 
 		 293 aa  215  8e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.64 
 
 		 293 aa  215  8e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.64 
 
 		 293 aa  215  8e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.64 
 
 		 293 aa  215  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 308 aa  215  9e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.64 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.67 
 
 		 291 aa  213  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.97 
 
 		 292 aa  212  7e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.72 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.72 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.72 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.72 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.72 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.58 
 
 		 286 aa  210  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  45.14 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.18 
 
 		 290 aa  209  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  42.01 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 296 aa  206  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.83 
 
 		 290 aa  205  6e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 311 aa  205  7e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.39 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.25 
 
 		 288 aa  203  4e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  39.86 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.07 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.07 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.07 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  198  7e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  41.52 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  37.11 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.89 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 268 aa  192  7e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.82 
 
 		 268 aa  192  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  43.07 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.79 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  34.71 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 305 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  35.4 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.82 
 
 		 347 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 323 aa  176  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 296 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  32.56 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  38.34 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 324 aa  172  6.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 325 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2495  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.59 
 
 		 292 aa  170  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 317 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1031  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 341 aa  168  8e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  37.82 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>