More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1110 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  100 
 
 		 306 aa  609  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  81.97 
 
 		 308 aa  495  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  81.52 
 
 		 311 aa  487  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.87 
 
 		 303 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 305 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 297 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  50.87 
 
 		 296 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.58 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.94 
 
 		 287 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.94 
 
 		 287 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.94 
 
 		 287 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.94 
 
 		 287 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.94 
 
 		 287 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.87 
 
 		 290 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.77 
 
 		 292 aa  249  4e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.7 
 
 		 293 aa  248  8e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.7 
 
 		 293 aa  248  8e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.7 
 
 		 293 aa  248  8e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.7 
 
 		 293 aa  248  8e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  47.7 
 
 		 293 aa  248  8e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.7 
 
 		 293 aa  248  8e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.35 
 
 		 293 aa  248  9e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.35 
 
 		 286 aa  243  3e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.39 
 
 		 288 aa  242  5e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.52 
 
 		 290 aa  242  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.52 
 
 		 290 aa  242  6e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.52 
 
 		 290 aa  242  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 308 aa  238  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.24 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  47.16 
 
 		 291 aa  236  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  47.59 
 
 		 317 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 308 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 325 aa  230  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  48.26 
 
 		 268 aa  230  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.26 
 
 		 268 aa  230  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  44.33 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.86 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  45.86 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.6 
 
 		 308 aa  225  6e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  48.47 
 
 		 313 aa  225  9e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 323 aa  219  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 304 aa  215  9e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 304 aa  215  9e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 308 aa  211  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1631  transcriptional regulator, LysR family  48.6 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.172115  normal  0.256911 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 296 aa  205  7e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  44.6 
 
 		 308 aa  205  7e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  41.72 
 
 		 308 aa  205  9e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  38.62 
 
 		 291 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  38.98 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  44.82 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  39.37 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1031  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 341 aa  186  4e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  36.96 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  37.98 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4023  LysR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.576826 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1844  LysR family transcription regulator  35.43 
 
 		 311 aa  175  9e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00735854  normal  0.299605 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2131  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1712  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00125801 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 294 aa  169  8e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2375  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2879  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2387  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274334 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1675  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1501  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2495  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.01 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000289116  hitchhiker  0.00000179151 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 290 aa  156  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  36.86 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>