More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1454 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
294 aa  578  1e-164  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  92.52 
 
 
294 aa  544  1e-154  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
294 aa  226  4e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 
296 aa  224  1e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
292 aa  209  6e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2193  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 
292 aa  202  5e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.35809  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
318 aa  192  4e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
307 aa  191  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  36.33 
 
 
308 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.35 
 
 
293 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.84 
 
 
300 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.35 
 
 
293 aa  187  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  34.35 
 
 
293 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.35 
 
 
293 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.69 
 
 
293 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.35 
 
 
293 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.35 
 
 
293 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1783  MarR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
302 aa  187  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000134706  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.76 
 
 
292 aa  186  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
295 aa  186  4e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
308 aa  186  5e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 
312 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.8 
 
 
287 aa  181  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.8 
 
 
287 aa  181  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.8 
 
 
287 aa  181  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.8 
 
 
287 aa  181  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.8 
 
 
287 aa  181  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 
307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  32.78 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 
294 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 
308 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
297 aa  179  4.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 
298 aa  179  4.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 
308 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.15 
 
 
286 aa  179  7e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.61 
 
 
314 aa  179  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
296 aa  178  8e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 
298 aa  178  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.62 
 
 
347 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
303 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
296 aa  178  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 
310 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.75 
 
 
290 aa  176  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.75 
 
 
290 aa  176  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 
290 aa  176  6e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 
268 aa  175  7e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.36 
 
 
288 aa  175  7e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
297 aa  175  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.19 
 
 
268 aa  175  7e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 
298 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 
322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.27 
 
 
291 aa  172  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
298 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
297 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 
304 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 
319 aa  170  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
305 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  30 
 
 
296 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  35.36 
 
 
314 aa  169  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.11 
 
 
306 aa  169  7e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
296 aa  168  8e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
302 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 
322 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 
293 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 
304 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 
294 aa  166  4e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
295 aa  166  5e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  30.34 
 
 
308 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 
299 aa  165  8e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.19 
 
 
303 aa  165  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  31.51 
 
 
291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.47 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.15 
 
 
317 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
308 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
324 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 
308 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
295 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 
326 aa  162  9e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 
300 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
329 aa  161  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
308 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
337 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  30.66 
 
 
308 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
337 aa  160  2e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
308 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  32.1 
 
 
298 aa  160  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 
308 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
300 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>