More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0606 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  590  1e-167  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 296 aa  287  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2090  LysR family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 318 aa  284  1.0000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0466986 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 301 aa  278  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 294 aa  273  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 292 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  51.25 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 293 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1969  transcriptional regulator, LysR family  53.47 
 
 		 296 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 295 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 299 aa  256  4e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 300 aa  242  7e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  52.42 
 
 		 306 aa  239  5e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1873  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 293 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.367542 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 324 aa  232  7.000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  45.99 
 
 		 294 aa  228  8e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1347  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.98443  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 		 319 aa  219  6e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 		 319 aa  219  6e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  39.07 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  35.05 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 325 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  32.64 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 322 aa  150  4e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.56 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 308 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.94 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  33.22 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.71 
 
 		 292 aa  145  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.91 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.86 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.67 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  33.95 
 
 		 268 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.95 
 
 		 268 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>