More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2038 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  97.7 
 
 		 305 aa  590  1e-168  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 300 aa  353  1e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  58.45 
 
 		 297 aa  345  6e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  58.68 
 
 		 298 aa  326  3e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 294 aa  231  9e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 308 aa  179  7e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  33 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  32 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  31.67 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 313 aa  169  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  31 
 
 		 322 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 320 aa  165  9e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  30.13 
 
 		 329 aa  163  4.0000000000000004e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  30.87 
 
 		 319 aa  162  6e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  30.77 
 
 		 331 aa  159  5e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 334 aa  157  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 304 aa  155  9e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  29.47 
 
 		 323 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  29.67 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  29.67 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 316 aa  152  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 314 aa  152  5e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 315 aa  152  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 315 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  31.64 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  27.86 
 
 		 296 aa  150  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.61 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 314 aa  142  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  33.56 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>