More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1477 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  613  9.999999999999999e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0400  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 298 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25320  transcriptional regulator  35.34 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 319 aa  172  5e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.33 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.78 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 307 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.96 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.67 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.67 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.67 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  28.67 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.67 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.67 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.67 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.53 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.78 
 
 		 290 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 305 aa  118  9e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4982  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.767822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0698  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.17 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 294 aa  116  5e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 307 aa  115  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 291 aa  115  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1014  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 326 aa  114  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 305 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 297 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  26.67 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>