More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1902 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  592  1e-168  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1783  MarR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000134706  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 294 aa  209  6e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  186  4e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  28.97 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  31.72 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2588  transcriptional regulator, LysR family protein  31.25 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.71 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  29.15 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.71 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.71 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.71 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.71 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.71 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.66 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4465  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 319 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00192923  normal  0.232029 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.92 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.36 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  31.36 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.8 
 
 		 347 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 319 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.06 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.73 
 
 		 317 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.31 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.01 
 
 		 290 aa  142  9e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2193  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 292 aa  142  9e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.35809  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 329 aa  141  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.49 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.66 
 
 		 290 aa  139  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000289116  hitchhiker  0.00000179151 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 303 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 290 aa  135  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.01 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>