More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_25320 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_25320  transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  629  1e-179  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0400  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
306 aa  176  5e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
302 aa  162  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
298 aa  145  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 
300 aa  139  7.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 
305 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 
297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 
297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
300 aa  126  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
297 aa  126  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 
305 aa  127  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 
297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
297 aa  125  7e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
297 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
296 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
293 aa  123  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 
303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 
301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
297 aa  119  6e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 
295 aa  118  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 
290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 
326 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 
300 aa  116  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 
305 aa  116  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 
300 aa  116  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 
294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 
298 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 
327 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 
327 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  23.31 
 
 
295 aa  115  7.999999999999999e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 
294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 
310 aa  113  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 
304 aa  113  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 
336 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  28.33 
 
 
316 aa  112  9e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 
309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 
309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2193  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 
292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.35809  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
326 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  28.52 
 
 
323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 
334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  27.04 
 
 
305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 
296 aa  109  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 
298 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
311 aa  108  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
329 aa  108  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 
296 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  27.42 
 
 
305 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
307 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  27.42 
 
 
296 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 
308 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
308 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 
308 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  24.58 
 
 
308 aa  107  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 
308 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
308 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 
302 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  28.33 
 
 
313 aa  107  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 
316 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
297 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
316 aa  105  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 
307 aa  105  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 
296 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  25 
 
 
286 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
294 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0345  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 
291 aa  105  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  27.76 
 
 
298 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 
327 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
316 aa  104  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
300 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
308 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
318 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
308 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  25.16 
 
 
303 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.76 
 
 
288 aa  103  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  21.93 
 
 
307 aa  103  5e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 
329 aa  102  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 
299 aa  102  7e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 
320 aa  102  7e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>