More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0880 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
295 aa  573  1.0000000000000001e-163  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  89.36 
 
 
293 aa  495  1e-139  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 
300 aa  258  1e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
297 aa  171  9e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
307 aa  162  8.000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  37.15 
 
 
314 aa  160  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 
307 aa  159  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 
296 aa  158  9e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 
307 aa  155  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
300 aa  154  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
302 aa  152  8e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
302 aa  151  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
298 aa  150  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
318 aa  150  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
311 aa  149  5e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
303 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
297 aa  149  8e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
297 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 
293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  35.05 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  36.97 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 
298 aa  145  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 
297 aa  145  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
308 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 
308 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 
297 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  33.96 
 
 
332 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 
304 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 
303 aa  143  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 
304 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 
314 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 
301 aa  143  4e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 
297 aa  142  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
320 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 
312 aa  142  6e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
294 aa  142  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
297 aa  142  8e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
298 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
297 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
297 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
297 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 
294 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 
326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 
298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 
294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 
291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
297 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.61 
 
 
316 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
294 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  33 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
297 aa  139  6e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 
301 aa  139  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
295 aa  139  7.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  33.8 
 
 
302 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
301 aa  137  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 
297 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 
303 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 
298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 
305 aa  136  5e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.4 
 
 
300 aa  134  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 
298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
296 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
310 aa  133  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 
309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 
309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 
296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 
300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  31.77 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.46 
 
 
325 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 
327 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 
305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 
327 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 
305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2588  transcriptional regulator, LysR family protein  27.78 
 
 
293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 
300 aa  129  6e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
319 aa  129  6e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
320 aa  129  6e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
318 aa  129  7.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
323 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
327 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 
293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 
294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>