More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0400 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0400  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  615  1e-175  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25320  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 302 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 295 aa  132  6e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 300 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  26.21 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  27.44 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  29.14 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 295 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 295 aa  123  5e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 319 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 307 aa  122  9e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 294 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 308 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 308 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 326 aa  119  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1810  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 337 aa  117  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.37 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 329 aa  116  5e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 307 aa  115  7.999999999999999e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1864  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  23.73 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.73 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.47 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.35 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1609  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0273727  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.13 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.68 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1748  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.8769 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 325 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  113  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  27.24 
 
 		 293 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  113  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  113  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  113  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.3 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>