More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2065 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  632  1e-180  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  35.07 
 
 		 289 aa  177  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 300 aa  146  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  143  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.69 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  30.69 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.33 
 
 		 295 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.34 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 292 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  31.85 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.34 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.34 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.45 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.34 
 
 		 299 aa  138  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 299 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.04 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 329 aa  132  6e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 298 aa  132  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.34 
 
 		 290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.11 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.11 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.37 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.11 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.11 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1155  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4031  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3892  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.940003  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3997  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3724  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3740  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4195  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4102  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.33917  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.77 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.77 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4085  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 334 aa  129  6e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  30.42 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 298 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3308  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 300 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3809  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  29.59 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2684  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 285 aa  126  5e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00184293  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 294 aa  126  6e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 298 aa  126  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 325 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>