More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_2011 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  597  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  98.28 
 
 		 297 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  86.46 
 
 		 293 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  87.06 
 
 		 294 aa  499  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  85.07 
 
 		 306 aa  494  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  82.88 
 
 		 292 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  82.29 
 
 		 290 aa  487  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  81.94 
 
 		 290 aa  487  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  82.7 
 
 		 292 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  81.66 
 
 		 292 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  82.01 
 
 		 292 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  64.01 
 
 		 296 aa  363  3e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  58.04 
 
 		 321 aa  334  1e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  53.15 
 
 		 299 aa  316  4e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 293 aa  288  5.0000000000000004e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  52.98 
 
 		 286 aa  282  4.0000000000000003e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 295 aa  251  9.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 290 aa  229  3e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 291 aa  230  3e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1575  LysR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 278 aa  224  1e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.684291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 290 aa  172  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  33.22 
 
 		 331 aa  139  3.9999999999999997e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  31.15 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  34.02 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.15 
 
 		 319 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  30.82 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  32.18 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  30.82 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  31.27 
 
 		 322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  126  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.72 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0355  hypothetical protein  27.76 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  28.52 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  23.34 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  122  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 336 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.66 
 
 		 325 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  29.21 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.4 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  28.87 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 337 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>