More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1370 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 313 aa  620  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  63.54 
 
 		 294 aa  356  2.9999999999999997e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  56.45 
 
 		 296 aa  322  4e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  56.45 
 
 		 325 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  54.46 
 
 		 303 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  50.88 
 
 		 293 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 314 aa  268  5.9999999999999995e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 292 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 294 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 294 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 293 aa  135  7.000000000000001e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  29.59 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  36.07 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 320 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  32.41 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3632  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 311 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  36.08 
 
 		 329 aa  126  4.0000000000000003e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  32.19 
 
 		 294 aa  126  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 311 aa  125  9e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  34.9 
 
 		 331 aa  124  3e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.39 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  33.73 
 
 		 319 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2280  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 293 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197799 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 316 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  32.42 
 
 		 322 aa  122  6e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 307 aa  122  9e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  32.94 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  35.63 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.17 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  32.58 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  32.43 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.89 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 290 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>