More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2054 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  98.32 
 
 		 297 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  95.29 
 
 		 297 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  93.88 
 
 		 297 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  59.86 
 
 		 305 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 312 aa  350  2e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 298 aa  349  3e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 306 aa  343  2e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 313 aa  332  3e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 317 aa  331  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  51.7 
 
 		 317 aa  330  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 317 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  51.7 
 
 		 317 aa  330  2e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  51.7 
 
 		 317 aa  330  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 317 aa  330  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 317 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  53.15 
 
 		 322 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 302 aa  324  9e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 313 aa  319  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  53.08 
 
 		 305 aa  318  5e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  53.26 
 
 		 305 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 307 aa  315  6e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  53.15 
 
 		 307 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 307 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 307 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 304 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.48 
 
 		 302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 305 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  47.81 
 
 		 300 aa  302  4.0000000000000003e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 322 aa  299  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 305 aa  290  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 307 aa  288  9e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 300 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 298 aa  266  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 299 aa  263  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 310 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 300 aa  229  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 295 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.28 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  39.13 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 299 aa  181  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 294 aa  178  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 300 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 300 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  34.93 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  38.03 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 294 aa  172  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  34.93 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  34.93 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  34.93 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>