More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3464 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  620  1e-177  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 310 aa  462  1e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  64.84 
 
 		 310 aa  375  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  63.11 
 
 		 316 aa  371  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  65.87 
 
 		 317 aa  370  1e-101  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  65.75 
 
 		 297 aa  369  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  63.82 
 
 		 316 aa  357  9.999999999999999e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  59.08 
 
 		 350 aa  351  1e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  60.46 
 
 		 311 aa  342  7e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  60.26 
 
 		 311 aa  340  1e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 298 aa  203  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.53 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.53 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.53 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.53 
 
 		 299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.53 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.81 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 293 aa  151  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  33.81 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 		 343 aa  149  6e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.07 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.21 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  38.5 
 
 		 290 aa  145  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.14 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.18 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.18 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 316 aa  139  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  38 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 296 aa  139  8.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  37.69 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  34.75 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 323 aa  135  8e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.13 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.13 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  32.13 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.13 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 310 aa  135  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.13 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.13 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.13 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>