More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4979 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  99.32 
 
 		 294 aa  564  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  567  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  93.88 
 
 		 294 aa  527  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  93.88 
 
 		 294 aa  527  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  92.86 
 
 		 294 aa  525  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  93.54 
 
 		 294 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  79.04 
 
 		 294 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  78.01 
 
 		 294 aa  448  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  79.86 
 
 		 294 aa  448  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  78.01 
 
 		 294 aa  441  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  75.51 
 
 		 294 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  75.17 
 
 		 294 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  71.88 
 
 		 292 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3632  LysR family transcriptional regulator  71.18 
 
 		 292 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2280  LysR family transcriptional regulator  70.49 
 
 		 293 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197799 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  63.27 
 
 		 294 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  67.71 
 
 		 293 aa  358  5e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  56.88 
 
 		 298 aa  298  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 296 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 		 296 aa  286  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0996  LysR family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 325 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3995  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 291 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  34.72 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 316 aa  106  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3809  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 291 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.22688  hitchhiker  0.00755616 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 310 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 310 aa  102  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 327 aa  102  9e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 311 aa  102  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.4 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  32.4 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0919  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 290 aa  99.8  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 307 aa  99.8  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  28.57 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  33.06 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4698  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 290 aa  99.8  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.981446 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 311 aa  99.4  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 315 aa  99.4  7e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 309 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 309 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4176  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 290 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 297 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  32.59 
 
 		 296 aa  99  9e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2457  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  29.07 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4792  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5490  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3575  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441848  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 316 aa  96.7  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 302 aa  96.7  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 309 aa  96.3  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  96.7  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 350 aa  96.3  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  26.37 
 
 		 314 aa  95.9  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  95.9  7e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 316 aa  95.9  7e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 304 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  27.13 
 
 		 314 aa  95.9  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 324 aa  95.5  9e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  29.87 
 
 		 331 aa  95.5  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2418  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0285418 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>