More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5567 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  594  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  65.57 
 
 		 301 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4410  transcriptional regulator, LysR family  57.43 
 
 		 303 aa  338  7e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9122  transcriptional regulator LysR family  51.16 
 
 		 304 aa  310  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  40.38 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 309 aa  158  9e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 318 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.36 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.36 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.36 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.26 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.36 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.36 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 296 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 310 aa  152  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  38.61 
 
 		 295 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  38.61 
 
 		 295 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  38.61 
 
 		 295 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  38.61 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  38.61 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  38.61 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  39.85 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  38.61 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 302 aa  149  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 328 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 328 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  36 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  37.98 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 302 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  38.08 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  35.47 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  38.24 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  36.4 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  36.47 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  37.07 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.23 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 297 aa  142  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  36.82 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>