More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1543 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  78.42 
 
 		 308 aa  472  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  77.74 
 
 		 308 aa  471  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  71.48 
 
 		 300 aa  431  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  70.1 
 
 		 300 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  70.1 
 
 		 300 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  69.42 
 
 		 308 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  71.63 
 
 		 300 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  71.63 
 
 		 300 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  71.63 
 
 		 300 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  71.28 
 
 		 300 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  71.63 
 
 		 300 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  71.63 
 
 		 300 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  70.1 
 
 		 300 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  71.63 
 
 		 300 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  69.42 
 
 		 300 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  69.42 
 
 		 308 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  72.66 
 
 		 300 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  63.57 
 
 		 295 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  67.79 
 
 		 295 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  47.9 
 
 		 298 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  48.87 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 297 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 295 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 304 aa  224  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 293 aa  220  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 317 aa  220  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 296 aa  212  7e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 296 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 292 aa  202  8e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 318 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 328 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 328 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  39.34 
 
 		 301 aa  186  6e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 316 aa  185  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 304 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  37.95 
 
 		 308 aa  185  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  39.34 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  38.93 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  38.93 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  38.93 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  38.01 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  38.01 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.82 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40910  LysR family transcriptional regulatory protein  41.88 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 295 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 299 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 317 aa  175  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 326 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 326 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>