More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2097 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  601  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  78.12 
 
 		 298 aa  431  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 307 aa  394  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  65.44 
 
 		 297 aa  356  2.9999999999999997e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  63.31 
 
 		 299 aa  355  6.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  63.97 
 
 		 295 aa  349  3e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 294 aa  342  5.999999999999999e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  52.35 
 
 		 299 aa  301  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  53.41 
 
 		 305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  48.63 
 
 		 295 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 300 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 308 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 308 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 300 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 300 aa  262  4e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 295 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 300 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  48.87 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  49.44 
 
 		 308 aa  258  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  49.06 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 300 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 300 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 300 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  49.25 
 
 		 300 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 300 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 300 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  49.25 
 
 		 300 aa  254  9e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 317 aa  216  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  40.15 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  36.01 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  42.69 
 
 		 293 aa  199  6e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  41.76 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  41.76 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  41.76 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 308 aa  195  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  37.92 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  37.92 
 
 		 301 aa  193  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 323 aa  192  5e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  37.58 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  37.58 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1334  LysR substrate-binding  34.59 
 
 		 307 aa  191  9e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  37.58 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.46 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  38.46 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  41.2 
 
 		 306 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  41.2 
 
 		 306 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  39.43 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  41.38 
 
 		 292 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.41 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  37.73 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  37.73 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.84 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  37.73 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  37.73 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  37.73 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 309 aa  185  7e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>