More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5892 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  88.58 
 
 		 299 aa  524  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 294 aa  364  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  65.22 
 
 		 298 aa  360  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  65.44 
 
 		 302 aa  356  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 295 aa  349  3e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  346  3e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  52.54 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 299 aa  273  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 300 aa  268  8e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 300 aa  266  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 300 aa  265  7e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 300 aa  262  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 		 308 aa  255  6e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 308 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  44.89 
 
 		 304 aa  249  6e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  44.65 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 298 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  44.28 
 
 		 295 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  42.36 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  42.36 
 
 		 300 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 300 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 317 aa  237  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 293 aa  229  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 302 aa  229  5e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  40.27 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 292 aa  219  3e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  38.1 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  38.1 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  38.1 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  38.1 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  37.5 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  38.1 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  39.06 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  39.06 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  39.06 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  38.63 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.05 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.11 
 
 		 297 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 297 aa  205  7e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 297 aa  205  7e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  38.11 
 
 		 297 aa  205  7e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 297 aa  205  7e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 297 aa  205  9e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 296 aa  203  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  39.93 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  39.93 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1334  LysR substrate-binding  34.95 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.8 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 300 aa  195  7e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  37.85 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 316 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>