More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1434 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
308 aa  633  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  95.78 
 
 
308 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  78.42 
 
 
298 aa  472  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  73.58 
 
 
300 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  75.09 
 
 
300 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  74.05 
 
 
300 aa  454  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  75.43 
 
 
300 aa  454  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  75.43 
 
 
300 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 
300 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  74.83 
 
 
300 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 
300 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  75.17 
 
 
300 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 
300 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 
300 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 
300 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  74.39 
 
 
308 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  74.39 
 
 
308 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  75.6 
 
 
300 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  69.11 
 
 
295 aa  359  3e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  59.79 
 
 
295 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
307 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  47.55 
 
 
298 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  49.06 
 
 
302 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 
297 aa  255  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 
299 aa  252  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 
299 aa  240  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  44.87 
 
 
295 aa  232  5e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
294 aa  231  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 
305 aa  222  7e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 
293 aa  221  8e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
317 aa  218  7.999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
292 aa  218  7.999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
296 aa  209  6e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 
302 aa  208  7e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 
296 aa  202  6e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 
306 aa  202  6e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 
296 aa  202  7e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
295 aa  199  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  38.41 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
323 aa  196  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
293 aa  196  5.000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
301 aa  195  7e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
299 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
299 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
299 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.92 
 
 
301 aa  192  8e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.92 
 
 
301 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
301 aa  191  9e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
301 aa  191  9e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.92 
 
 
301 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.92 
 
 
301 aa  191  9e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 
297 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 
299 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
289 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
302 aa  191  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.58 
 
 
301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.16 
 
 
296 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
318 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 
297 aa  189  4e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
298 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
299 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.2 
 
 
297 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 
297 aa  188  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  37.2 
 
 
297 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
297 aa  187  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 
297 aa  187  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
297 aa  188  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
297 aa  188  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
297 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
297 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
299 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 
298 aa  186  5e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
296 aa  186  5e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
296 aa  186  6e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
316 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
304 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  47.32 
 
 
337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.83 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  38.6 
 
 
299 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  38.6 
 
 
299 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  38.6 
 
 
299 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  38.6 
 
 
299 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
328 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  38.6 
 
 
299 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
328 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 
308 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  37.71 
 
 
306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  37.71 
 
 
306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
297 aa  182  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>