More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3117 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  607  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  43.59 
 
 		 292 aa  238  8e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  44.67 
 
 		 296 aa  219  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 296 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 298 aa  212  5.999999999999999e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 296 aa  211  9e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  42.67 
 
 		 306 aa  208  8e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  42.67 
 
 		 306 aa  208  8e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 296 aa  208  8e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 299 aa  208  9e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 299 aa  208  9e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 302 aa  207  3e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.5 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.5 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.5 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.5 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.5 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.86 
 
 		 296 aa  205  8e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  40.89 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 323 aa  199  6e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  40.14 
 
 		 295 aa  199  7e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 295 aa  196  5.000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 302 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.71 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 328 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  42.02 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 328 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6203  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.64 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  39.64 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  41.25 
 
 		 331 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  40.78 
 
 		 337 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  43.23 
 
 		 320 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  41.16 
 
 		 315 aa  188  9e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  41.16 
 
 		 315 aa  188  9e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  41.16 
 
 		 315 aa  188  9e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  41.16 
 
 		 329 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  40.85 
 
 		 331 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  41.25 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>