More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4167 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  100 
 
 		 295 aa  579  1e-164  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 303 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 303 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  67.23 
 
 		 303 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  61.3 
 
 		 294 aa  326  3e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 323 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 314 aa  238  6.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 306 aa  238  9e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  45.7 
 
 		 330 aa  229  3e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  48.35 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 329 aa  223  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  43.01 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  43.01 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  42.28 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  42.28 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  42.28 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  42.28 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  42.28 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 298 aa  211  7.999999999999999e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 293 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4157  LysR substrate-binding protein  45.02 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 306 aa  199  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 323 aa  198  7.999999999999999e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 295 aa  196  5.000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  45.72 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  45.35 
 
 		 296 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  46.47 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  40.15 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  42.53 
 
 		 296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 319 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  40.31 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 297 aa  178  7e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 293 aa  178  8e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.87 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  39.69 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  40.84 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 306 aa  175  8e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  40.14 
 
 		 322 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 295 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  38.56 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  38.56 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  41.83 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  39.76 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 299 aa  172  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  40.84 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>