More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5674 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  587  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 292 aa  203  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 323 aa  196  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 296 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.29 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.29 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.29 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.29 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.29 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  188  9e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 307 aa  186  5e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 328 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 328 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  40.74 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 304 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 323 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  38.64 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 328 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 321 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  36.42 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  39.02 
 
 		 331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 306 aa  172  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 296 aa  171  9e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 296 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  37.54 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  36.73 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  36.73 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  36.73 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  36.73 
 
 		 329 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2740  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 299 aa  169  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 314 aa  168  8e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 292 aa  168  9e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.95 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  38.28 
 
 		 331 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.04 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  37.68 
 
 		 320 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  34.52 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>