More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2675 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  96.82 
 
 		 314 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  86.26 
 
 		 311 aa  530  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  68.65 
 
 		 316 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 318 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  64.94 
 
 		 328 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  64.94 
 
 		 328 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  64.61 
 
 		 304 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 304 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  63.96 
 
 		 305 aa  325  7e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  63.96 
 
 		 305 aa  325  7e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  64.24 
 
 		 315 aa  323  2e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  64.24 
 
 		 315 aa  323  2e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  62.58 
 
 		 331 aa  323  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  64.24 
 
 		 315 aa  323  2e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  64.24 
 
 		 329 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  63.87 
 
 		 304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  63.87 
 
 		 320 aa  320  3e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  61.71 
 
 		 337 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  63.26 
 
 		 331 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  58.44 
 
 		 321 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  60.19 
 
 		 328 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  58.79 
 
 		 317 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 316 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 310 aa  246  4e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  46.41 
 
 		 292 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 323 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3010  LysR family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 309 aa  229  7e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2531  transcriptional regulator, LysR family  48.39 
 
 		 312 aa  222  8e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 297 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  38.22 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  38.22 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  38.22 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  38.22 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  38.22 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  41.56 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  41 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 296 aa  189  7e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  43.37 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  40.51 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  39.6 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  39.26 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  43.12 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 323 aa  179  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  38.38 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  42.75 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  39.8 
 
 		 335 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  41.33 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  39.46 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>