More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2803 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
316 aa  623  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  88.6 
 
 
318 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  68.35 
 
 
311 aa  380  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  69.68 
 
 
314 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  68.65 
 
 
314 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 
328 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 
328 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 
304 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  66.33 
 
 
304 aa  352  5e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  67.34 
 
 
305 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  67.34 
 
 
305 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  62.75 
 
 
321 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  61.83 
 
 
328 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  61.86 
 
 
317 aa  334  9e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  65.66 
 
 
331 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  65.99 
 
 
304 aa  333  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  65.12 
 
 
337 aa  328  7e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  65.32 
 
 
315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  65.32 
 
 
315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  65.32 
 
 
315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  65.32 
 
 
329 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  65.44 
 
 
331 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  65.66 
 
 
320 aa  323  2e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 
316 aa  294  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 
308 aa  254  9e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 
310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  47.52 
 
 
292 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 
295 aa  248  8e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
323 aa  245  6.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2531  transcriptional regulator, LysR family  50.32 
 
 
312 aa  239  4e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
310 aa  235  7e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  48.54 
 
 
322 aa  235  7e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3010  LysR family transcriptional regulator  48.37 
 
 
309 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450342  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
293 aa  224  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 
298 aa  222  6e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  43.12 
 
 
323 aa  217  2e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
297 aa  216  5e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  43.83 
 
 
301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  44.16 
 
 
301 aa  212  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
305 aa  209  5e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 
299 aa  209  7e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 
299 aa  209  7e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  40.2 
 
 
301 aa  208  9e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
301 aa  208  9e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
301 aa  208  9e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  40.2 
 
 
301 aa  208  9e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  40.2 
 
 
301 aa  208  9e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  40.2 
 
 
301 aa  207  1e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 
296 aa  208  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 
294 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  40.2 
 
 
301 aa  206  3e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
302 aa  206  3e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  44 
 
 
308 aa  207  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  42.58 
 
 
301 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  41.49 
 
 
298 aa  205  7e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 
298 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
302 aa  204  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 
296 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.88 
 
 
297 aa  202  6e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 
297 aa  202  6e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
297 aa  202  6e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  40.88 
 
 
297 aa  202  6e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
297 aa  202  6e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 
297 aa  202  8e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
297 aa  202  8e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 
298 aa  202  9e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.93 
 
 
304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 
297 aa  200  3e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  40.95 
 
 
309 aa  199  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  39.5 
 
 
304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  43.93 
 
 
296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  43.93 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 
297 aa  196  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  42.75 
 
 
295 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
299 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
300 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 
295 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 
299 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
299 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
289 aa  193  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
300 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  44.89 
 
 
295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  40.28 
 
 
306 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  40.28 
 
 
306 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
323 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
304 aa  189  4e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
297 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  43.86 
 
 
296 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  43.87 
 
 
337 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>