More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_5916 on replicon NC_008062
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  621  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  621  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  99.33 
 
 
300 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  94.67 
 
 
300 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  94.33 
 
 
300 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  94.67 
 
 
300 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  91.33 
 
 
300 aa  556  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  75.93 
 
 
300 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  75.93 
 
 
300 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  75.93 
 
 
300 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  75.93 
 
 
300 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  75.93 
 
 
300 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  75.59 
 
 
300 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  75.93 
 
 
300 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  74.39 
 
 
308 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 
300 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  74.74 
 
 
308 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  69.42 
 
 
298 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 
295 aa  341  8e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  56.66 
 
 
295 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  48.94 
 
 
298 aa  276  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  50.75 
 
 
302 aa  265  5.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
299 aa  261  6.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 
297 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  46.43 
 
 
307 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 
294 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 
305 aa  223  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
317 aa  224  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 
304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
296 aa  215  5.9999999999999996e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  42.59 
 
 
292 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
296 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 
293 aa  207  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
295 aa  205  7e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 
296 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 
296 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 
302 aa  203  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  39.18 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 
323 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
301 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.05 
 
 
301 aa  193  3e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.05 
 
 
301 aa  193  4e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.05 
 
 
301 aa  192  5e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
301 aa  192  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
301 aa  192  5e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.05 
 
 
301 aa  192  5e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 
298 aa  192  5e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.05 
 
 
301 aa  192  5e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 
299 aa  192  6e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 
299 aa  192  6e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
302 aa  192  8e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
298 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  34.04 
 
 
300 aa  191  2e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
304 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 
305 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2740  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
297 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
293 aa  189  4e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
326 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
326 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
326 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 
328 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
318 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
305 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 
328 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
316 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1334  LysR substrate-binding  34.56 
 
 
307 aa  186  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
306 aa  186  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
305 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
304 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
305 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
297 aa  185  9e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  38.02 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 
302 aa  183  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  40.37 
 
 
296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 
297 aa  182  6e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 
303 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.442699 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.64 
 
 
297 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  37.64 
 
 
297 aa  182  7e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  37.64 
 
 
297 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 
308 aa  182  7e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 
297 aa  182  7e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 
297 aa  182  7e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 
308 aa  182  7e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 
297 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  37.64 
 
 
297 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
302 aa  182  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  36.52 
 
 
306 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  36.52 
 
 
306 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 
303 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 
297 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  43.02 
 
 
295 aa  181  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 
301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  38.58 
 
 
307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>