More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1134 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  590  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  87.93 
 
 		 295 aa  518  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 297 aa  364  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 299 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  63.31 
 
 		 298 aa  350  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  60.07 
 
 		 302 aa  342  5.999999999999999e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  59.14 
 
 		 307 aa  325  4.0000000000000003e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 305 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 300 aa  242  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 300 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 293 aa  235  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 295 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  41.18 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  44.02 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  44.02 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 300 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  37.16 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  37.16 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  37.16 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.82 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.82 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 293 aa  202  6e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 304 aa  201  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 292 aa  201  9e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 296 aa  195  9e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 328 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 328 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 304 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  192  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1334  LysR substrate-binding  34.71 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 304 aa  188  7e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.99 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 297 aa  185  9e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  42.91 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  42.91 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 299 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 306 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  33.81 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 321 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 318 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  35.66 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.01 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 319 aa  178  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 317 aa  178  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  37.87 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 323 aa  177  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>