More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0833 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  597  1e-170  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  47.96 
 
 		 309 aa  256  3e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.4 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  43.4 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  45.92 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 297 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 297 aa  228  9e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  45.73 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  42.81 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  42.81 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  42.81 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  42.81 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  42.81 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  42.71 
 
 		 292 aa  216  4e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 292 aa  216  4e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 299 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  42.6 
 
 		 304 aa  215  9e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.55 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.2 
 
 		 296 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 304 aa  211  7.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  43.37 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 298 aa  209  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  40.75 
 
 		 306 aa  209  5e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  40.75 
 
 		 306 aa  209  5e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  38.91 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  38.91 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  38.91 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  38.91 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  38.91 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  39.93 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  39.93 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  39.93 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  42.71 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 292 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 291 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 304 aa  205  7e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  205  7e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  39.93 
 
 		 292 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 291 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 318 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  41.49 
 
 		 296 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 290 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 290 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 290 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  41.49 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 298 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 315 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  38.98 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  41.92 
 
 		 295 aa  193  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  192  8e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 328 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 328 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>