More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1424 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  97.03 
 
 		 303 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  76.82 
 
 		 305 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  77.81 
 
 		 306 aa  478  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  76.49 
 
 		 305 aa  475  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  76.49 
 
 		 326 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  76.49 
 
 		 326 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  76.82 
 
 		 305 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  76.49 
 
 		 326 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  76.82 
 
 		 306 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  76.82 
 
 		 306 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  76.82 
 
 		 306 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  76.82 
 
 		 304 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  77.15 
 
 		 306 aa  474  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  76.82 
 
 		 306 aa  471  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  76.82 
 
 		 304 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  72.94 
 
 		 305 aa  457  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  72.28 
 
 		 316 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  73.18 
 
 		 307 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  69.77 
 
 		 305 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  72.58 
 
 		 307 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  71.62 
 
 		 305 aa  443  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 313 aa  337  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  53 
 
 		 305 aa  331  1e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  57 
 
 		 295 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 296 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  55.44 
 
 		 295 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  56.36 
 
 		 295 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  58.27 
 
 		 295 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  58.27 
 
 		 295 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  56.36 
 
 		 295 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  58.27 
 
 		 295 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  58.27 
 
 		 295 aa  319  3e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  58.27 
 
 		 295 aa  319  3e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  56.01 
 
 		 295 aa  316  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  55.9 
 
 		 296 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 296 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 296 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 296 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 296 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 298 aa  310  1e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 303 aa  308  8e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  55.9 
 
 		 296 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 305 aa  296  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 299 aa  296  4e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 308 aa  290  2e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  55.33 
 
 		 290 aa  289  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  54.64 
 
 		 290 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1173  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 319 aa  275  6e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1323  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0574194 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 290 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2203  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 290 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 300 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.17 
 
 		 293 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2367  transcriptional regulator, LysR family  53.67 
 
 		 301 aa  265  8e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 291 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08760  Transcriptional regulator, LysR family  47.52 
 
 		 306 aa  245  6.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.139187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 301 aa  226  4e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1108  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 337 aa  210  2e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.102258 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1313  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 341 aa  208  8e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000621922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  42.59 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  39.66 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 296 aa  203  4e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  39.66 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 296 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 299 aa  201  9e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  39.32 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  39.32 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  39.32 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1196  LysR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  45.83 
 
 		 296 aa  199  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 305 aa  198  7e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 318 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.08 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 316 aa  185  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>