More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1334 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1334  LysR substrate-binding  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  48.44 
 
 		 300 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 297 aa  202  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  35.52 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  35.52 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  35.17 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  35.17 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  35.17 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  34.35 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 292 aa  175  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4621  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0988877  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  33.44 
 
 		 306 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  33.44 
 
 		 306 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  32.99 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  161  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  31.72 
 
 		 290 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  30.67 
 
 		 300 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  30.45 
 
 		 330 aa  155  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  31.38 
 
 		 290 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  32.76 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.19 
 
 		 300 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  30.82 
 
 		 300 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  31.29 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.51 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 296 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>