More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3179 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  96.66 
 
 		 299 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  92.95 
 
 		 299 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  81.76 
 
 		 323 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 303 aa  252  5.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 292 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 296 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  42.69 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  42.69 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 310 aa  188  8e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  42.86 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  37.8 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  37.8 
 
 		 301 aa  185  6e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  185  6e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  185  6e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  37.8 
 
 		 301 aa  185  6e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  37.8 
 
 		 301 aa  185  6e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  37.8 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  39.19 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2740  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  42.06 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 295 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  40.87 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 306 aa  181  9.000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.61 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  43.91 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  43.91 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  38.26 
 
 		 312 aa  175  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  41.76 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  41.76 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.41 
 
 		 297 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 297 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 297 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  37.41 
 
 		 297 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 297 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.06 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40910  LysR family transcriptional regulatory protein  43.7 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  38.78 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  37.94 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  37.63 
 
 		 301 aa  168  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 295 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  37.55 
 
 		 300 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>