More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4630 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  92.2 
 
 		 295 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 302 aa  333  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 302 aa  333  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 302 aa  332  4e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 302 aa  331  8e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  56.85 
 
 		 302 aa  328  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  56.85 
 
 		 302 aa  328  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5767  LysR family transcriptional regulator  53.76 
 
 		 275 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 301 aa  282  5.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  51.05 
 
 		 296 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 296 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 309 aa  265  8e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6203  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 298 aa  256  3e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  47.86 
 
 		 297 aa  256  4e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 299 aa  245  6e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  48.23 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  48.23 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  45.58 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.58 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  42.5 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 296 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2391  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0830106  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0036  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 328 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 328 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.33 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.33 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.33 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.33 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  35.99 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.18 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  38.18 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  37.82 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  39.66 
 
 		 331 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.2 
 
 		 337 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 305 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  39.59 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.59 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.59 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.59 
 
 		 329 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.26 
 
 		 331 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  40.41 
 
 		 320 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 297 aa  182  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.81 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  36.86 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  36.86 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  36.86 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  36.86 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  36.86 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 318 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  36.3 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 304 aa  175  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>