More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3962 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  603  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 		 302 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  95.36 
 
 		 302 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  95.36 
 
 		 302 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  95.33 
 
 		 302 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  93.69 
 
 		 302 aa  567  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5767  LysR family transcriptional regulator  96 
 
 		 275 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 295 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 295 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 309 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 301 aa  281  9e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  49.47 
 
 		 297 aa  261  8e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 296 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  51.25 
 
 		 296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6203  LysR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 298 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  48.79 
 
 		 335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 299 aa  229  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.33 
 
 		 299 aa  225  6e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 301 aa  225  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0036  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  45.1 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2391  transcriptional regulator, LysR family  45.86 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0830106  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  43.66 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 304 aa  191  9e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  39.93 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  39.56 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  39.56 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  39.56 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  39.56 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  39.56 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  39.56 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  39.56 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 328 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 328 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.64 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  40.98 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  38.36 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  40.26 
 
 		 311 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.86 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 323 aa  179  5.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.86 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.86 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.86 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.86 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 318 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  38.32 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  40.2 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  40.61 
 
 		 320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.46 
 
 		 331 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 293 aa  172  9e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.86 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  39.86 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.4 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.86 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>