More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4587 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  598  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  598  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  88.26 
 
 		 335 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  86.91 
 
 		 323 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 301 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  54.83 
 
 		 296 aa  299  4e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  53.08 
 
 		 296 aa  296  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6203  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 298 aa  287  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 299 aa  282  5.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  46.8 
 
 		 297 aa  276  3e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 302 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 302 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 302 aa  259  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 302 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 302 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 302 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  48.23 
 
 		 295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 295 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 309 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  48.06 
 
 		 297 aa  229  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 294 aa  225  6e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.96 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2391  transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0830106  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  43.26 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 299 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0036  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5767  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 275 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 292 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 328 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 328 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 295 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 316 aa  182  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  42.54 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  42.16 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  42.16 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  42.16 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  42.16 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  37.88 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  37.88 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  39.67 
 
 		 331 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  41.79 
 
 		 295 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  41.79 
 
 		 295 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  41.79 
 
 		 295 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  38.31 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.22 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  40.34 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  37.41 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  37.41 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  37.41 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  37.41 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  37.41 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  40.34 
 
 		 315 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  40.34 
 
 		 315 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  40.34 
 
 		 315 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  40.34 
 
 		 329 aa  172  9e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 306 aa  171  9e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.2 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 323 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 304 aa  169  6e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 294 aa  168  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  40.93 
 
 		 296 aa  168  8e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  35.48 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  35.48 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  35.48 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 302 aa  168  9e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  35.48 
 
 		 301 aa  167  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  40.93 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>