More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4657 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  624  1e-178  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 316 aa  294  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 328 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 328 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 304 aa  288  9e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 318 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 304 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 305 aa  279  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 305 aa  279  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 304 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  53.8 
 
 		 314 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  53.14 
 
 		 314 aa  269  4e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  52.92 
 
 		 331 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  54.55 
 
 		 315 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  54.55 
 
 		 329 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  54.55 
 
 		 315 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  52.08 
 
 		 337 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  54.55 
 
 		 315 aa  263  4e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  51.44 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 321 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  52.9 
 
 		 331 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  51.71 
 
 		 320 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 328 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 323 aa  230  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3010  LysR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 309 aa  223  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 308 aa  215  9e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 322 aa  212  7e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2531  transcriptional regulator, LysR family  44.19 
 
 		 312 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 295 aa  199  7e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2888  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.33 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.33 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.33 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.33 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  37.69 
 
 		 304 aa  176  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.33 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  39.19 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  39.19 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  37.08 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 300 aa  169  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  37.08 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 323 aa  166  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  36.18 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 296 aa  165  8e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 297 aa  165  9e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  165  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  35.96 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  36.77 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>