More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1922 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  642    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  71.99 
 
 		 323 aa  431  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  71.71 
 
 		 310 aa  430  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2531  transcriptional regulator, LysR family  68.42 
 
 		 312 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3010  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 309 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  56.03 
 
 		 310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 308 aa  301  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 304 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 328 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 328 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  52.29 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 305 aa  255  6e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 304 aa  255  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 305 aa  255  6e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  49.84 
 
 		 331 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  49.52 
 
 		 337 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  48.44 
 
 		 329 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  49.35 
 
 		 331 aa  248  8e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  50.33 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  50.33 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  50.66 
 
 		 320 aa  247  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  50.33 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 316 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 328 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 317 aa  243  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  49.38 
 
 		 314 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  49.84 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  48.28 
 
 		 314 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 295 aa  226  3e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 292 aa  219  6e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  46.67 
 
 		 337 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 323 aa  197  3e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  41.53 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  37.83 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  37.83 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  37.83 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  37.83 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  37.83 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 296 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 323 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  42.37 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.79 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 299 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  42.26 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  36.58 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  37.12 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  36.79 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  36.79 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  36.79 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 289 aa  172  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.6 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  36.45 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 295 aa  169  8e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 292 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.7 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>