More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0834 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  100 
 
 
330 aa  649    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 
323 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 
314 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 
306 aa  375  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  63.25 
 
 
329 aa  352  4e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4157  LysR substrate-binding protein  59.47 
 
 
299 aa  341  1e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 
312 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  45.7 
 
 
295 aa  229  3e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 
306 aa  225  8e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
303 aa  222  8e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
303 aa  222  8e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0066  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 
303 aa  209  4e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
305 aa  206  3e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 
294 aa  204  2e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
302 aa  195  1e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
305 aa  193  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 
299 aa  193  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 
299 aa  193  3e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.43 
 
 
301 aa  192  9e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.43 
 
 
301 aa  192  9e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
301 aa  192  9e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
301 aa  192  9e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.43 
 
 
301 aa  192  9e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.43 
 
 
301 aa  192  9e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.43 
 
 
301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 
301 aa  187  2e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
295 aa  186  4e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  41.82 
 
 
297 aa  185  9e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 
306 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
292 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 
304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
296 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
292 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.54 
 
 
292 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 
292 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  38.03 
 
 
292 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  38.03 
 
 
292 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  38.03 
 
 
292 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
291 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 
294 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
291 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 
296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
299 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
299 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.63 
 
 
296 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
290 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
290 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  38.19 
 
 
292 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
290 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  37.68 
 
 
292 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
296 aa  170  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  43.08 
 
 
296 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  38.58 
 
 
302 aa  170  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  43.08 
 
 
296 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  34.93 
 
 
301 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
299 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 
298 aa  169  5e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
296 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
299 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  40.84 
 
 
300 aa  169  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
312 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 
297 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
301 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 
308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  37.46 
 
 
301 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
298 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 
301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.15 
 
 
299 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
302 aa  162  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
325 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
302 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
309 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
302 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 
293 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
301 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
293 aa  161  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
295 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 
299 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 
297 aa  160  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
297 aa  160  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6203  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
298 aa  159  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 
298 aa  159  6e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
298 aa  158  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 
302 aa  159  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
295 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 
293 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
302 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>