More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1360 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  97.03 
 
 		 303 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  75.5 
 
 		 326 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  75.5 
 
 		 326 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  75.5 
 
 		 305 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  75.5 
 
 		 305 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  76.49 
 
 		 306 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  75.5 
 
 		 326 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  75.5 
 
 		 305 aa  467  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  76.16 
 
 		 306 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  75.83 
 
 		 304 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  75.83 
 
 		 306 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  75.83 
 
 		 304 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  75.83 
 
 		 306 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  75.83 
 
 		 306 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  75.83 
 
 		 306 aa  462  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  72.94 
 
 		 305 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  71.62 
 
 		 316 aa  447  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  72.61 
 
 		 305 aa  447  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  70.43 
 
 		 305 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  72.85 
 
 		 307 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  71.91 
 
 		 307 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 313 aa  331  1e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 305 aa  328  5.0000000000000004e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 		 295 aa  323  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 296 aa  322  5e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  55.1 
 
 		 295 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  58.27 
 
 		 295 aa  318  9e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  56.36 
 
 		 295 aa  318  9e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  56.36 
 
 		 295 aa  318  9e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  58.27 
 
 		 295 aa  318  9e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  58.27 
 
 		 295 aa  318  9e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  58.27 
 
 		 295 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  58.27 
 
 		 295 aa  316  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 296 aa  316  3e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 296 aa  316  4e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  56.01 
 
 		 295 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  57.55 
 
 		 296 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  57.55 
 
 		 296 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  57.55 
 
 		 296 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 298 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 303 aa  305  9.000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 310 aa  302  4.0000000000000003e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  53.8 
 
 		 305 aa  294  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  53.5 
 
 		 308 aa  289  4e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  54.98 
 
 		 290 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  54.3 
 
 		 290 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1173  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 319 aa  278  9e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1323  LysR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 302 aa  273  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0574194 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 290 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 300 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.51 
 
 		 293 aa  266  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2203  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 290 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2367  transcriptional regulator, LysR family  53.8 
 
 		 301 aa  263  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  50.9 
 
 		 291 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08760  Transcriptional regulator, LysR family  46.29 
 
 		 306 aa  239  5.999999999999999e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.139187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1108  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.102258 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1313  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 341 aa  209  6e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000621922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  42.59 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  39.32 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 296 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  39.32 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 296 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  38.98 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  38.98 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  38.98 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  45.83 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1196  LysR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 320 aa  199  5e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 300 aa  195  9e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 295 aa  192  7e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 318 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  43.07 
 
 		 294 aa  185  8e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.31 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  40.77 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>