More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4305 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  60.28 
 
 		 296 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  52.78 
 
 		 293 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 293 aa  285  5e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 304 aa  259  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 306 aa  258  8e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 319 aa  215  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 296 aa  201  9e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 296 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  45.66 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  45.66 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  45.66 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 290 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 290 aa  188  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 290 aa  188  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  42.8 
 
 		 295 aa  182  6e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 296 aa  181  9.000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 291 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  37.46 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  37.46 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  37.46 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  37.46 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  37.46 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  35.92 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  39.15 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  41.31 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.75 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  39.12 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  39.12 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  41.88 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  39.4 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 310 aa  167  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  38.91 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  35.31 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 296 aa  162  7e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6393  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222603 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 323 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  40.3 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  39.85 
 
 		 295 aa  157  1e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>