More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4411 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 291 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  88.97 
 
 		 290 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  88.97 
 
 		 290 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  88.97 
 
 		 290 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  84.48 
 
 		 292 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 298 aa  287  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  52.25 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 295 aa  282  4.0000000000000003e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 293 aa  280  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  50.52 
 
 		 292 aa  272  5.000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 292 aa  272  5.000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  50.52 
 
 		 292 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  50.52 
 
 		 292 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  50.52 
 
 		 292 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  50.52 
 
 		 292 aa  261  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  50.52 
 
 		 292 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  50.87 
 
 		 292 aa  255  6e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  53.03 
 
 		 295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  48.45 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 299 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  46.18 
 
 		 308 aa  239  4e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  48.26 
 
 		 311 aa  238  8e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  46.64 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 297 aa  229  4e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 292 aa  225  6e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  42.96 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  45.99 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.96 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 297 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  46.12 
 
 		 310 aa  215  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  47.33 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 296 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 296 aa  205  9e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.43 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.43 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.43 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.43 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.43 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 302 aa  202  6e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 295 aa  195  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  40.75 
 
 		 295 aa  192  4e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 306 aa  192  4e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1190  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 292 aa  192  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  39.53 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  40.23 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 304 aa  185  9e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  41.2 
 
 		 330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.28 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  37.28 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>