More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0553 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  71.33 
 
 		 293 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 304 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 294 aa  288  9e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  51.76 
 
 		 296 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 306 aa  256  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 319 aa  223  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 296 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 300 aa  218  8.999999999999998e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  41.64 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 292 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 299 aa  191  9e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 299 aa  191  9e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.99 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.99 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.99 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.64 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.64 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 296 aa  185  6e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  44.66 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  44.27 
 
 		 296 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  39.63 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  34.64 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 290 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 302 aa  172  7.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  42.69 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 326 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 326 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 326 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 293 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  41.13 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  44.19 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  37.96 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  36.53 
 
 		 306 aa  162  7e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4621  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0988877  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  41.51 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  38.29 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  38.08 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.98 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>