More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4649 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  629  1e-179  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 301 aa  245  6e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  46.21 
 
 		 301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 299 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.17 
 
 		 296 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  45.13 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  42.21 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  42.21 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.13 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  44.27 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  41.37 
 
 		 304 aa  205  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.6 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  40.6 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  42.31 
 
 		 294 aa  196  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  39.33 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  39.33 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  39.33 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  38.95 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  38.95 
 
 		 301 aa  188  9e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 292 aa  185  7e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  39.35 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  39.35 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  39.35 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  39.35 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  39.35 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 302 aa  182  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  40.44 
 
 		 306 aa  179  8e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  41.54 
 
 		 309 aa  178  9e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  39.78 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 290 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 290 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 291 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  43.07 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  42.7 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 323 aa  172  5e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 296 aa  172  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  37.84 
 
 		 322 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  42.26 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  39.13 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>