More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5121 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  593  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  97.65 
 
 		 299 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  97.65 
 
 		 299 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  94.28 
 
 		 299 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  78.98 
 
 		 298 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  74.58 
 
 		 297 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  74.24 
 
 		 296 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  70.55 
 
 		 301 aa  424  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  70.55 
 
 		 301 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  70.55 
 
 		 308 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  52.54 
 
 		 298 aa  311  5.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  51.86 
 
 		 298 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  50.84 
 
 		 304 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  52.55 
 
 		 304 aa  302  4.0000000000000003e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 302 aa  298  7e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  51.26 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  51.26 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  53.65 
 
 		 297 aa  286  4e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  52.55 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  52.55 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  52.55 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  52.55 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  52.55 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  52.55 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  52.55 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  52.55 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  52.55 
 
 		 297 aa  280  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  51.01 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  51.01 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  51.01 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  51.01 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  51.01 
 
 		 299 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  48.46 
 
 		 306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  48.46 
 
 		 306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 		 308 aa  265  7e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 		 308 aa  265  7e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  45.62 
 
 		 292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  45.32 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  45.32 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  44.57 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  44.57 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  44.57 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  44.57 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  44.57 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 305 aa  231  8.000000000000001e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  51.79 
 
 		 309 aa  230  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 292 aa  221  9e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.3 
 
 		 292 aa  221  9e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  46.92 
 
 		 295 aa  217  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 296 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  47.33 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 295 aa  209  3e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  41.81 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  47.33 
 
 		 296 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  39.13 
 
 		 292 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  39.13 
 
 		 292 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  39.13 
 
 		 292 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 296 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  41.3 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 306 aa  206  6e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  43.51 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 		 300 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 291 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 307 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  39.13 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  41.45 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 316 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 293 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  45.25 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 323 aa  199  5e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 306 aa  198  9e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>