More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1012 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  584  1e-166  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 
303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 
303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  46.76 
 
 
295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  48.78 
 
 
303 aa  231  9e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  48.77 
 
 
323 aa  229  6e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  48.77 
 
 
306 aa  228  7e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  48.77 
 
 
314 aa  228  7e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
294 aa  223  4e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 
306 aa  218  8.999999999999998e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  43.25 
 
 
330 aa  206  3e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.76 
 
 
296 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  41.26 
 
 
292 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  41.26 
 
 
292 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  41.26 
 
 
292 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  43.97 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 
329 aa  200  3e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 
297 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  41.61 
 
 
292 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 
296 aa  199  6e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 
292 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4157  LysR substrate-binding protein  45.17 
 
 
299 aa  196  6e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.21 
 
 
292 aa  196  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
292 aa  196  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  47.33 
 
 
296 aa  195  9e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 
304 aa  194  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  47.33 
 
 
296 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 
301 aa  193  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
301 aa  192  5e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
298 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
305 aa  191  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  39.4 
 
 
302 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 
299 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 
299 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 
299 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
291 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 
308 aa  188  8e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 
294 aa  188  8e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  39.86 
 
 
292 aa  188  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.65 
 
 
301 aa  187  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
299 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  45.19 
 
 
311 aa  187  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 
302 aa  186  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.65 
 
 
301 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
299 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
302 aa  185  6e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 
301 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  36.3 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  36.3 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  36.3 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  42.46 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 
293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  42.37 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
296 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
290 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
290 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
290 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
299 aa  182  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  39.08 
 
 
301 aa  182  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  40.62 
 
 
301 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 
306 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
298 aa  179  4e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.24 
 
 
300 aa  179  7e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
296 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  41.6 
 
 
295 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 
323 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
298 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 
299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 
309 aa  172  5.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
307 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 
299 aa  169  4e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 
296 aa  169  6e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 
288 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
312 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
296 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
305 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 
296 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
302 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  40.7 
 
 
302 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  36.93 
 
 
322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2740  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.379655 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.565063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>