More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6115 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
299 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  89.3 
 
 
302 aa  545  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 
303 aa  201  9e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.28 
 
 
293 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.04 
 
 
300 aa  199  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
298 aa  199  5e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
305 aa  198  9e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
291 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  36.24 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  36.24 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 
303 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 
299 aa  197  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 
299 aa  197  3e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 
292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  41.72 
 
 
290 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  35.89 
 
 
301 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
301 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
301 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  35.89 
 
 
301 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  35.89 
 
 
301 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
293 aa  195  9e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  41.72 
 
 
290 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
297 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 
296 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
305 aa  193  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  40.68 
 
 
295 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  40.68 
 
 
295 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  40.68 
 
 
295 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  40.68 
 
 
295 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
305 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  40.21 
 
 
306 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  40.21 
 
 
304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 
295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  40.21 
 
 
306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  40.21 
 
 
306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  39.86 
 
 
295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  40.21 
 
 
306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  40.21 
 
 
306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  40.3 
 
 
295 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  40.3 
 
 
295 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  39.86 
 
 
304 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  40.3 
 
 
295 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
305 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  40.21 
 
 
306 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
296 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  38.97 
 
 
301 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
296 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
326 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
326 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
326 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
301 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
297 aa  186  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
305 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
305 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 
295 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
298 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 
296 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 
296 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 
296 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
302 aa  185  8e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  42.35 
 
 
296 aa  185  9e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2203  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 
296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  41.35 
 
 
313 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  42.35 
 
 
296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 
299 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
299 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 
299 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
296 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 
307 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
296 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
307 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
307 aa  178  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 
298 aa  178  9e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
296 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
303 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
303 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
296 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
298 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
296 aa  176  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
299 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
295 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
299 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>