More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4070 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  584  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  81.42 
 
 		 297 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  57.97 
 
 		 309 aa  316  3e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 293 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 302 aa  266  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.32 
 
 		 299 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  50.73 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  52.45 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  48.77 
 
 		 303 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  48.77 
 
 		 303 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  48.77 
 
 		 303 aa  199  7e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.07 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 295 aa  196  5.000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 306 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  40.84 
 
 		 308 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 300 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  37.5 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  37.5 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  37.5 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 306 aa  183  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  37.5 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  37.5 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40910  LysR family transcriptional regulatory protein  42.86 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 289 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  40.98 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  39.85 
 
 		 295 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  39.46 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 323 aa  175  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  40.37 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3471  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  41.56 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  45.56 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  45.56 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.36 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 328 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 296 aa  168  8e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 304 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  42.17 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>