More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4594 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  38.28 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  38.67 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.01 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.01 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.01 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.01 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.01 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.33 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 296 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.92 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.62 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  34.97 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.72 
 
 		 299 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  33.1 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  33.1 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  33.1 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 297 aa  163  5.0000000000000005e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 318 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 299 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  38.22 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  34.6 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 297 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 297 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.59 
 
 		 297 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  38.22 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  161  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  161  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  35.62 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  35.47 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 296 aa  159  9e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.71 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.25 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  33.1 
 
 		 292 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 321 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 292 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>