More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3924 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  616  1e-175  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  77 
 
 		 317 aa  466  9.999999999999999e-131  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  71.67 
 
 		 310 aa  401  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 310 aa  383  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  63.96 
 
 		 350 aa  373  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 316 aa  357  9.999999999999999e-98  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  63.45 
 
 		 297 aa  347  2e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  59.73 
 
 		 316 aa  317  2e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 311 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 311 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 		 301 aa  208  9e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 310 aa  168  8e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.98 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.98 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.98 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.98 
 
 		 299 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.63 
 
 		 299 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 299 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  32.63 
 
 		 299 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.63 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  32.4 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 294 aa  150  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 		 296 aa  149  8e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  32.06 
 
 		 294 aa  149  9e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.6 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.06 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.92 
 
 		 294 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 296 aa  138  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.23 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.94 
 
 		 328 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.21 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.26 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.82 
 
 		 304 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 293 aa  133  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_002950  PG0270  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  30.65 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>