More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2145 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  100 
 
 		 304 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  62.94 
 
 		 300 aa  363  1e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.8 
 
 		 298 aa  362  4e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.72 
 
 		 295 aa  359  4e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.38 
 
 		 295 aa  358  7e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.27 
 
 		 311 aa  358  9e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.27 
 
 		 311 aa  358  9e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.92 
 
 		 311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.92 
 
 		 311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.92 
 
 		 311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.11 
 
 		 298 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.11 
 
 		 298 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.92 
 
 		 311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.11 
 
 		 298 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.92 
 
 		 311 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.48 
 
 		 299 aa  333  2e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.48 
 
 		 299 aa  333  2e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.48 
 
 		 299 aa  333  3e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.48 
 
 		 299 aa  331  8e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  54.49 
 
 		 299 aa  331  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  54.49 
 
 		 299 aa  331  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  54.49 
 
 		 299 aa  331  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  54.82 
 
 		 299 aa  330  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.84 
 
 		 328 aa  328  5.0000000000000004e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.52 
 
 		 311 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.4 
 
 		 295 aa  322  3e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.74 
 
 		 295 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.42 
 
 		 296 aa  318  6e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.71 
 
 		 295 aa  311  9e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 296 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 296 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.75 
 
 		 296 aa  305  6e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.37 
 
 		 325 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.05 
 
 		 292 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.84 
 
 		 301 aa  297  2e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.14 
 
 		 292 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.3 
 
 		 315 aa  279  5e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 292 aa  170  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  31.36 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 343 aa  149  7e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  30.25 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2862  hypothetical protein  32.22 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.79 
 
 		 290 aa  142  9e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.29 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 317 aa  135  8e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 311 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4621  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0988877  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>